Die Schweizerische Vereinigung für die Wollschweinzucht (SVWS) ist 1994 in Vitznau gegründet worden. Seit 2004 war sie als eigenständige Tierzuchtorganisation anerkannt, hat sich aber 2016 entschlossen dem Züchterverband beizutreten, um Synergien zu nutzen. 2022 musste der Züchterverband die Anerkennung wieder abgeben, da das Herdbuch der Wollschweine inzwischen bei Suissag geführt wird.
Der Verein Förderer der Swiss Merinos wurde am 1. April 2023 gegründet und ist Ende April 2023 dem Züchterverband für seltene Nutztierrassen beigetreten.
Der Verein Alpine Cashmere Association wurde am 23. Mai 2009 gegründet und ist im Herbst 2022 dem Züchterverband für seltene Nutztierrassen beigetreten.
Der Verein OriginalZwergzebu Schweiz wurde am 11. September 2015 gegründet und ist 2022 dem Züchterverband für seltene Nutztierrassen beigetreten.
Der am 21. März 2014 gegründete Verein Ouessantschafe Schweiz ist im September 2017 dem Züchterverband für seltene Nutztierrassen beigetreten.
Aus der am 22. November 2008 gegründeten IG Jakobschaf Schweiz ist am 28. Februar 2015 der Verein Jakobschaf Schweiz entstanden. Dieser ist im März 2015 dem Züchterverband für seltene Nutztierrassen beigetreten.
Die Interessengemeinschaft Original Schweizer Spiegelschaf (IG OSS) wurde 2008 gegründet. Ihr Ziel ist es, ein langlebiges wirtschaftliches Spiegelschaf zu züchten, welches mit genügend Grundfutter (Gras, Heu) ohne Kraftfutterzugabe gute Zucht- und Mastleistungen erbringt.
Der Stiefelgeissen Züchterverein (SGS) wurde 1993 in Quinten SG gegründet. Die Gründung erfolgte anlässlich des zehnjährigen Jubiläums des Stiefelgeiss-Projektes der Stiftung Pro Specie Rara (PSR). Mit der Gründung hat der SGS die gesamte Verantwortung für die Erhaltung und Förderung dieser Rasse übernommen. Das Zuchtzentrum der Stiefelgeiss bildet das Sarganserland und das angrenzende Walenseegebiet.
Der Schweizerische Yakzuchtverein (SYV) wurde 2003 gegründet mit dem Ziel der Erhaltung und Förderung der Yakhaltung in der Schweiz, vorab im Berggebiet oder in Steillagen auf der Grundlage von betriebseigenem Raufutter.
Am 5. Februar 1995 schlossen sich die Züchter aus dem Oberwallis mit Unterstützung der Stiftung Pro Spezie Rara zusammen. Sie gründeten die Evolèner-Viehzuchtgenossenschaft und das Evolèner Herdenbuch. 1997 wurde die Genossenschaft im Züchterverband für gefährdete Nutztierrassen Pro Specie Rara aufgenommen. Die Namensänderung 2012 zu Orginal Evolènervieh Zuchtgenossenschaft soll Verwechslungen mit dem Evolèner Zuchtverein vermeiden.